К примеру есть функция в модуле
function theme_youtube_video($variables) {
//----------something------------
}
То для того чтобы ее переопределить , следует в в своем модуле темы объявить следующую функцию
function mythemeModule_youtube_video($variables) {
//-------something---------
}
Где mythemeModule название вашего модуля темы .