К примеру есть функция в модуле
function theme_youtube_video($variables) { //----------something------------ }
То для того чтобы ее переопределить , следует в в своем модуле темы объявить следующую функцию
function mythemeModule_youtube_video($variables) { //-------something--------- }
Где mythemeModule название вашего модуля темы .