К примеру есть  функция в модуле

function theme_youtube_video($variables) {
//----------something------------
}

То для того чтобы ее переопределить , следует в в своем модуле темы объявить следующую функцию

function mythemeModule_youtube_video($variables) {
   //-------something---------
}

Где mythemeModule название вашего модуля темы .