Для увеличения лимита времени , для phpmyadmin .
- Следуем по пути: your-server\phpMyAdmin\libraries\ .
- Находим файл config.default.php
- Правим параметр $cfg['ExecTimeLimit'] на нужный вам (к примеру 300000 ):
$cfg['ExecTimeLimit'] = 3000000;
При этом в php.ini увеличены лимиты на выполнение ( max_execution_time=960 ), и отключен безопасный режим ( safe_mode=Off )