Для увеличения лимита времени , для phpmyadmin .

  1. Следуем по пути: your-server\phpMyAdmin\libraries\ .
  2. Находим файл config.default.php
  3. Правим параметр $cfg['ExecTimeLimit'] на нужный вам (к примеру 300000 ):

$cfg['ExecTimeLimit'] = 3000000;

При этом в  php.ini увеличены лимиты на выполнение  ( max_execution_time=960 ), и отключен безопасный режим ( safe_mode=Off )